دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی به منظور انجام مراحل دفاع از پایاننامه کارشناسی ارشد و یا رساله دکتری خود، می بایست ضمن ثبت مدارک و مستندات پروپوزال خود در سامانه جامع مدیریت امور پژوهشی دانشگاه آزاد اسلامی پژوهشیار، پس از گذراندن 6 مرحله، نسبت به دریافت کد و تاریخ ثبت پروپوزال در سامانه پژوهشیار اقدام نمایند. مضاف بر مشکلات عدیدهای که در سامانه و بر سر مسیر 6 گانه مراحل ثبت پروپوزال در سامانه وجود دارد، دانشجو پس از یک سال از تاریخ ثبت پروپوزال در سامانه پژوهشیار، اجازه دفاع از پایاننامه و یا رساله خود را دارد؛ این درحالی است که حتی اگر دانشجو دروس سرترم خود را گذرانده و اقدامات تصویب پروپوزال را نیز در دانشکده و گروه انجام داده باشد ولی هنوز پروپوزال خود را در سامانه ثبت نکرده باشد، می بایست یک سال و به عبارتی دو ترم بعد از ثبت پروپوزال در سامانه پژوهشیار، دفاع از پایان نامه و یا رساله خود را انجام دهد. این موضوع ضرورت گذشت یک سال از تاریخ تصویب پروپوزال به منظور اجازه جلسه دفاع ضمن تعویق بدون ضرورت جلسه دفاعیه، موجب تحمیل هزینه اضافه بر دانشجو میگردد.